請求書と納品書に御中を付けることはできますか？

可能です。
請求書については、編集画面より敬称欄はテキストボックスとなっており、初期値で御中が入力されております。

納品書については、納品書出力をクリックし即座に発行となりますが、敬称は御中で統一されています。