１社につき案件が複数あった場合に、見積もりは案件ごとに登録しているのですが、請求書はひとつにまとめたいです。システム上可能でしょうか？

現時点(2025年7月31日)では1つの案件に対し1つの請求書しか作成できないような仕様となっております。請求書編集にて明細を増減することができますので1つの請求書にまとめたい場合は、請求書の編集でまとめることが可能です。
案件としては異なりますので、請求書変更を行い発行した案件以外の案件内共有ファイルへ発行した請求書をアップロードしておくことで二重請求の可能性を回避するなど自社ルールを設けることをおすすめいたします。